St. John's mempunya beberapa aktiviti dan kelab kesukanan yang terbuka kepada semua pelajar, antaranya termasuklah sukan ragbi, memanah, bola sepak, hoki, badminton, sepak takraw, gymnastik, lawan pedang, dan lain-lain.

St. John's mempunyai 5 buah rumah sukan dimana nama bagi kelima-lima rumah sukan di St. John's diambil dari Brother Director yang terdahulu;D. Joseph, Cornelius, Gilbert, Claude dan Stephen.

Pada 1 Disember 2009, Encik Peter Yii Sing Chiu telah digantikan oleh Encik Leong Kum Loy. Di bawah pentadbiran Encik Leong Kum Loy, St. John telah diisytiharkan sebagai Tapak Warisan oleh kerajaan Malaysia.

Pentadbiran sekolah ini telah diteruskan kesinambungannya sehingga sekarang oleh Encik Manmohan Singh A/L Kartar Singh, pengetua kelima SJI yang telah mula berkhidmat bermula daripada hujung tahun 2016. Beliau dibantu oleh tiga penolong kanan dan seorang penyelia sesi petang seperti berikut;

• Penolong Kanan Tadbir dan Kurikulum : Puan Azizah
• Penolong Kanan Hal Ehwal Murid : Encik Mustafa Kamal
• Penolong Kanan Aktiviti Ko-Kurikulum : Encik Goh Chee Chiang
• Penolong Kanan Petang : Puan Lim Wai Ling